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氟代苯甲醛是一类非常重要的有机化工原料，近年来，在合成医药、农药等新型材料中，氟代苯甲醛作为反应中间体发挥着重大的作用，例如：氟代苯甲醛可合成有取代基的苯基萘基吡喃，用来治疗免疫系统的疾病、糖尿病的并发症等；合成抗氧化剂可用于治疗癌症、肝硬化、动脉硬化等疾病；对氟苯甲醛可用于合成多种医药，如降血压药、解热镇痛消炎药、抗癌药、股肉放松药等。氟代苯甲醛还常用来合成一些重要的化学品，例如氟代苯甲醛和葡萄糖、酵母等作用可得（1R，2S）－1－萘基－1，2－丙二醇；对氟苯甲醛和二茂铁在路易斯酸、一氯化铝等的催化下可