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基于科技经费投入统计指标，应用基尼系数、主成分回归等方法从差异性、均衡性、相关性等方面分析新疆地区R＆D经费投入的区域特征情况；对新疆各地区R＆D经费投入的水平、规模、优势与不足进行研究，得出新疆R＆D经费投入的地区差异显著，国家实施西部大开发和对口支援战略时应对科技研发活动给予政策倾斜，新疆各地区经济发展水平、人力资本的累计对R＆D投入强度有显著的正向影响。因此，为保持地区经济持续、健康发展，应以技术进步促进经济发展，并在经济发展的同时加大R＆D经费的投入力度。