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数据包络分析(data envelopment analysis,DEA)方法在评价复杂系统效率问题时,由于评价指标过多,常常导致多个单元有效,使评价结果失去意义,而把指标合成为几个主要指标,又很难找到针对原始指标的投影。为解决上述问题,给出了一种用于面向输出的复杂系统效率评价的DEA模型,探讨了相应的DEA有效性含义、模型性质以及模型的求解方法。最后,利用该方法对内蒙古自治区14所三甲医院综合运营效率进行了分析。