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科技资源配置主体分为执行主体和调控管理主体，科技资源配置是全社会资源配置的关键，只有使其成为区域创新系统的基础，才能发挥其最佳的创新功能。目前我国科技资源配置规模与社会需求有很大差距，计划经济体制给科技资源配置结构带来很多不利影响，至今仍是改革的难点。本文基于区域创新系统投入与产出结构角度，提出相应的策略，以期对提高区域创新系统内资源配置效率有所助益。