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CEPA的实施进一步推动粤港经济合作的发展，本文旨在通过对区域创新系统机制研究，分析企业、市场和政府在整个创新系统中的相互作用。并结合广东和香港两地高新技术产业合作的现状以及合作弱化的原因，提出了笔者关于两地加强高新技术产业协作的建议，从整体规划，充分发挥政府和市场、企业主体、科研机构、中介组织等创新要素的作用，加强两地高新技术产业的协同发展。