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虽然《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》对行政协议约定仲裁条款予以“原则性否定”,但也为其预留了制度发展空间。法理上看，因过分强调行政协议的“行政性”而忽略其“民事性”,径行将行政协议纠纷排除在仲裁范围之外的做法，将不利于行政协议纠纷的及时、高效解决。在此问题上，肇始于德国的“双阶理论”为行政协议纠纷适用仲裁提供了理论依据，仲裁制度的高效、便捷则为行政协议适用仲裁提供了现实依托。大陆法系的立法与实践经验，亦可提供重要的借鉴。一般而言，只能对行政协议履行阶段的相关民事合意条款约定仲裁。适用仲裁解纷时，应对行政协议争议条款的属性、纠纷发生时点、争议标的情况等予以综合考量，并接受司法监督。