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在构建区域创新效率评价指标体系的基础上,利用非径向SE-C~2R模型对2000-2013年中国内地30个省域创新效率进行了测算,并利用谱系聚类方法将其分为4个梯队。最后,利用面板单位根检验的LLC方法对区域创新效率的随机收敛性从五个层面进行了检验和分析。研究表明:中国创新效率总体较低,经济发达地区创新效率高于经济落后地区,东部地区创新效率存在随机收敛;西北地区、西南地区和黄河中游地区区域内创新效率不存在随机收敛。在此基础上,从创新资源投入、资源配置结构、制度性因素等方面分析了原因并提出了针对性的政策建议。