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随着玛纳斯河流域的大量开发导致下游出现河道断流、水生物多样性减少、水生态系统遭到破坏等问题,下游生态基流不能满足需求。针对该流域目前存在的问题,分别从工程措施和非工程措施两方面出发对该流域的生态基流进行治理,发现经过调度后下泄流量增加、河流的自净能力增强、生态环境得到优化。该研究可以为玛纳斯河流域今后生态基流管理目标及主要生态流量调度工程施工等方面提供科学依据。