任何一种制度设计的背后都有一套与之相应的概念、理念、原则作支撑。在完善我国军事司法管理制度的过程中,需要着重把握三个基本问题需要明确军事司法管理制度概念,即军事司法管理,是指基于对军事司法规律的认识和把握,对军事司法主体、军事司法活动以及与军事司法权公正高效运行直接相关的行为和事项,通过计划、组织、调控、评价、引导等环节,合理运用各种军事司法资源,以实现既定的军事司法目标的组织活动或过程;需要塑造程序管理优先,科学管理、以人为本,实体自治与军事司法能力提高相结合,案件管理与军事司法人员管理相结合等军事司法管理理念;需要完善以坚持司法理念与军事司法管理理念并重、以提高军事司法质量为目标、提升军事司法效率、体现军事司法民主和坚持科学管理为内容的军事司法管理制度原则。