2008年3月，首轮大部门制改革在万众瞩目中高调启程。无论是整合相同或相近的职能，对政府机构进行综合设置；还是理顺部门之间关系，形成更加精干高效的政府组织结构，都超出了人们之前的想象。
　　2013年3月，新一轮大部制改革再次启动。
　　3月10日，国务院机构改革和职能转变方案（草案）公布，引发各界广泛讨论。3月14日，十二届全国人大一次会议表决通过了关于国务院机构改革和职能转变方案（下称“机构改革方案”）的决定。
　　曾经参与机构改革方案研究设计的中国行政管理学会副秘书长沈荣华向《中国经济周刊》介绍，2008年机构改革后，新一轮大部制改革就已经开始酝酿。中央机构编制委员会办公室（下称“中编办”）组织力量先对2008年机构改革进行了全面调研和评估，就成绩、问题和改革方向提出了一些设想。
　　改革真正进入议事日程是在2012年4月。据记者了解，当时中编办委托国家行政学院承担机构改革的课题。课题组先后走访相关部委，尤其在2008年进行过大部制改革的国家民用航空局等部门进行调研，了解大部制的现状以及运行中存在的障碍和问题，并将这些问题理顺后进行重新设计，以形成大部制改革的整体框架和思路。半年后，2012年9月底，国家行政学院将该课题成果交付中编办。
　　党的十八大闭幕后，中央政治局常委会决定成立文件起草组，由中编办牵头负责起草改革方案。起草组成员有国务院办公厅、国家发改委、国务院法制办等综合部门的人员，主要是以专家型官员为主。
　　在方案形成过程中，文件起草组就机构改革问题听取了党中央、国务院有关领导同志以及相关部门主要负责同志的意见。就国务院部门转变职能、提高效率、搞好服务问题，召开4个座谈会，听取了20个省级政府或其部门负责同志、10个国务院部门主要负责同志、部分国有和民营企业负责人以及专家学者的意见，还书面征求了党中央、全国人大和国务院46个部门主要负责同志的意见。
　　在一系列紧锣密鼓的安排后，由中编办牵头的机构改革方案草案终于完成，于2月23日通过中共中央政治局会议的讨论，并在2月28日召开的中共十八届二中全会上进行了完善。而改革方案要具有法律效力，最终要经过全国人民代表大会审议通过。
　　对此，国家行政学院教授宋世明向《中国经济周刊》评述道：“这个方案应该说是在党中央领导下群策群力、发扬民主、集思广益、科学决策的结果，凝聚了各方面的智慧。”
　　3月10日，在十二届全国人大一次会议第三次全体会议上，国务委员兼国务院秘书长马凯作关于国务院机构改革和职能转变方案的说明。传说中的新一轮大部制改革方案终于露出真容。
　　此次机构改革，国务院正部级机构减少4个，其中组成部门减少两个，副部级机构增减相抵数量不变。改革后除国务院办公厅外，国务院设置组成部门25个。
　　早期参与课题研究的国家行政学院研究员胡仙芝表示，此次机构改革的几个重点“都具有强烈的社会需求，如铁路的政企分开问题，海洋安全问题，能源安全的国家战略实施问题，以及公共服务和民生中涉及的食品安全、计划生育问题等等。”