【摘 要】
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蛋白质的三维空间结构决定该蛋白质的生物功能,研究蛋白质结构的相似性在计算分子生物学中具有重要意义。本文将蛋白质Cα原子距离矩阵分解成许多小的子矩阵表示蛋白质的局部
【机 构】
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广西大学计算机与电子信息学院,玉林师范学院计算机科学与工程学院
【基金项目】
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国家自然科学基金(61963004),广西自然科学基金重点项目(2017GXNSFDA19803),广西重点研发计划(桂科AB17195055)
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蛋白质的三维空间结构决定该蛋白质的生物功能,研究蛋白质结构的相似性在计算分子生物学中具有重要意义。本文将蛋白质Cα原子距离矩阵分解成许多小的子矩阵表示蛋白质的局部结构,通过对这些局部结构的统计分析得到局部特征频率向量计算蛋白质的相似性,在此基础上提出一种新的基于自适应局部特征频率向量的方法(ALFF)计算蛋白质三维结构相似性。ALFF在选取蛋白质局部特征的方式上,使用OTSU算法确定局部特征最合适的大小m,并通过MeanShift聚类计算出具有代表性的局部特征数量k。实验结果表明,ALFF可以更好更快地划
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