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七大难题
“核高基”(核心电子器件、高端通用芯片及基础软件产品)重大专项的启动，标志着国家将大力扶持企业研制和开发具有自主知识产权的产品。与当年主要由政府主导、同时鼓励企业参与的“国家863计划”不同，“核高基”专项是以企业为主体、以市场为导向的。然而，企业要通过产学研结合，真正成为自主创新的主体，还需要克服各种各样的困难。
研发
企业存短板
2008年12月科技部公布的《科技统计报告》中显示，企业、研究机构和高等学校是中国研发活动的三大执行部门。从研发人力投入看，企业已经成为中国研发活动的主体。
在研发经费方面，上个世纪90年代以前，高校的研发活动绝大部分依赖于政府的资助；到了2007年，高等学校研发资金主要来源于政府和企业，高校在研发活动方面已经与产业界建立起了较稳固的联系，知识创新逐渐显现对产业技术发展的支撑作用。
然而在技术引进方面，许多企业只是单纯为了引进而引进，自身的研发队伍及研发能力没有得到发展，技术开发长期停留在单纯引进的层面上，没有形成自己的创新力，体现不出科技成果转化的经济效益，最终挫伤了企业进行科技成果转化的热情。因此，通过积极吸引高校、科研机构进入企业，才可增强企业自主创新能力，开发具有自主知识产权的核心技术和主导产品。
粘合
优质中介缺位
产学研涉及到高校、科研院所和企业的有效衔接，它们的不同功能和定位将直接影响产学研结合的程度。目前产学研的链条上缺乏一种粘合剂，也就是合适的中介机构。
成熟的中介机构可以充当产、学、研一体化的龙头，以中介机构所具有的资源优势和市场优势，广泛地吸纳企业、高等院校和科研单位参与，形成共同的产业链。
以北京市科委为例，通过设立“科技中介服务专项”，借助政府专项资金的支持和引导，北京市科委培育了一批优秀的咨询公司，挖掘出的典型咨询服务模式包括“咨询服务入股型”、“团队接管型”、“长期顾问式”、“知识转移型”、“专业细化型”、“国际标准化”和“技术全程化”咨询等6种，为北京市产学研结合的企业发展提供了有效服务。
机制
激励效果不足
产学研实际运行中的协调工作非常复杂，由于缺乏政策支持以及长久目标和动力机制，使得产学研往往只取得了某一点和某一时段的成功，而远远没有形成科学发展的机制。政府需要构建一个完善的推进产学研科学发展的运行机制，理顺产学研各方之间的关系；另外，还需要一套对产学研运行效果的适用的评价体系，以监督和约束各个环节。
科技部政策法规司司长梅永红一针见血地指出: “从高校和科研单位来分析，目前的管理制度仍然束缚了科研人员与企业合作的积极性和主动性。比如高校对科研人员的评价考核机制使得他们宁愿追求发表更多的论文、获得更多的奖项、争取更多的科研经费，而不是为企业和社会带来更多的直接效益。”
风险协调
利益分配错位
产学研各方应该严格划分彼此的定位和分工，避免在实践中发生错位。在我国产学研合作过程中，由于各方对成果与技术价值、无形资产与有形资产的价值、人财物投入后形成的价值、技术开发价值、管理价值等存在着不同的意见，所以，各方面的利益关系始终难以协调。由于收益与风险的不平衡，部分高校、科研机构的科研人员缺乏将科研成果向生产领域转化的积极性。
一旦产学研各方以一定比例投入资金公司开始正常运营后，一定要重视运营的监管，因为资金入股和技术入股的主体对盈利状况的预期容易产生分歧，对于日后产生的风险双方也要有足够的承受力。因此在合作初期就应把责权利界定清晰，用法律约束力保障合作关系。
政策
实施细则分散
虽然政府通过财政政策、税收政策和金融政策等手段对自主创新的企业给予鼓励和支持，但现行的科技税收政策体系中，多是对税收优惠只做出原则性规定，而实施细则分散于财政部及地方财政厅局的通知和文件中，要形成不同地区、不同行业、不同专业可资借鉴的典型模式短期内还无法实现。因此，很多企业觉得政策的落实和执行缺乏可操作性，为了享受一些鼓励自主创新的政府补贴，甚至滋生出一些专门替有自主创新产品的企业申请科技津贴的第三方公司，从中牟利。
合作方式
“拿来主义”严重
由于大多数企业自身技术力量薄弱，与科研方技术落差过大，因此有些企业在引进技术和人才的过程中，一味要求科研方将科技成果直接送到生产线上，“拿来主义”严重。这种合作方式大大增加了科研成果的转化成本，将风险不合理地过多地转移给科研方，也导致高等院校、科研机构对合作顾虑重重。
“这些企业的优势是有科研院所的高素质技术人员的支撑，可以解决很多技术难题。劣势是这些技术是从科研院所出来的研究性成果，距产品化还很远。” 计算所全资公司北京神州天脉网络计算机有限公司总经理崔洪亮告诉记者，“一般这些技术是源自国家战略性的课题如863、973计划，而不是源自用户需求。因此，在可用性、外观、市场宣传方面都不如别的市场化产品。
模式
联盟并非特效药
为了把短期合作深化为长期合作，近年来，越来越多的相关企事业单位追求资源互补、互相结盟，使得联盟模式渐成气候，国内就有“TD联盟”、“长风联盟”、“WAPI联盟”等模式。
“不过建联盟并非特效药，嚷嚷建联盟的企业很多，很多企业不成熟地觉得有了联盟就搭上了大船，不愁吃喝了。其实这种想法只能让联盟成为一种空架子。”一位曾经涉足2～3个联盟的企业老总告诉记者。联盟还存在“谁向谁靠”的问题，不能都觉得自己是老大，没有“舍得”就没有“获得”，参与联盟就必须要有大局观。
“核高基”(核心电子器件、高端通用芯片及基础软件产品)重大专项的启动，标志着国家将大力扶持企业研制和开发具有自主知识产权的产品。与当年主要由政府主导、同时鼓励企业参与的“国家863计划”不同，“核高基”专项是以企业为主体、以市场为导向的。然而，企业要通过产学研结合，真正成为自主创新的主体，还需要克服各种各样的困难。
研发
企业存短板
2008年12月科技部公布的《科技统计报告》中显示，企业、研究机构和高等学校是中国研发活动的三大执行部门。从研发人力投入看，企业已经成为中国研发活动的主体。
在研发经费方面，上个世纪90年代以前，高校的研发活动绝大部分依赖于政府的资助；到了2007年，高等学校研发资金主要来源于政府和企业，高校在研发活动方面已经与产业界建立起了较稳固的联系，知识创新逐渐显现对产业技术发展的支撑作用。
然而在技术引进方面，许多企业只是单纯为了引进而引进，自身的研发队伍及研发能力没有得到发展，技术开发长期停留在单纯引进的层面上，没有形成自己的创新力，体现不出科技成果转化的经济效益，最终挫伤了企业进行科技成果转化的热情。因此，通过积极吸引高校、科研机构进入企业，才可增强企业自主创新能力，开发具有自主知识产权的核心技术和主导产品。
粘合
优质中介缺位
产学研涉及到高校、科研院所和企业的有效衔接，它们的不同功能和定位将直接影响产学研结合的程度。目前产学研的链条上缺乏一种粘合剂，也就是合适的中介机构。
成熟的中介机构可以充当产、学、研一体化的龙头，以中介机构所具有的资源优势和市场优势，广泛地吸纳企业、高等院校和科研单位参与，形成共同的产业链。
以北京市科委为例，通过设立“科技中介服务专项”，借助政府专项资金的支持和引导，北京市科委培育了一批优秀的咨询公司，挖掘出的典型咨询服务模式包括“咨询服务入股型”、“团队接管型”、“长期顾问式”、“知识转移型”、“专业细化型”、“国际标准化”和“技术全程化”咨询等6种，为北京市产学研结合的企业发展提供了有效服务。
机制
激励效果不足
产学研实际运行中的协调工作非常复杂，由于缺乏政策支持以及长久目标和动力机制，使得产学研往往只取得了某一点和某一时段的成功，而远远没有形成科学发展的机制。政府需要构建一个完善的推进产学研科学发展的运行机制，理顺产学研各方之间的关系；另外，还需要一套对产学研运行效果的适用的评价体系，以监督和约束各个环节。
科技部政策法规司司长梅永红一针见血地指出: “从高校和科研单位来分析，目前的管理制度仍然束缚了科研人员与企业合作的积极性和主动性。比如高校对科研人员的评价考核机制使得他们宁愿追求发表更多的论文、获得更多的奖项、争取更多的科研经费，而不是为企业和社会带来更多的直接效益。”
风险协调
利益分配错位
产学研各方应该严格划分彼此的定位和分工，避免在实践中发生错位。在我国产学研合作过程中，由于各方对成果与技术价值、无形资产与有形资产的价值、人财物投入后形成的价值、技术开发价值、管理价值等存在着不同的意见，所以，各方面的利益关系始终难以协调。由于收益与风险的不平衡，部分高校、科研机构的科研人员缺乏将科研成果向生产领域转化的积极性。
一旦产学研各方以一定比例投入资金公司开始正常运营后，一定要重视运营的监管，因为资金入股和技术入股的主体对盈利状况的预期容易产生分歧，对于日后产生的风险双方也要有足够的承受力。因此在合作初期就应把责权利界定清晰，用法律约束力保障合作关系。
政策
实施细则分散
虽然政府通过财政政策、税收政策和金融政策等手段对自主创新的企业给予鼓励和支持，但现行的科技税收政策体系中，多是对税收优惠只做出原则性规定，而实施细则分散于财政部及地方财政厅局的通知和文件中，要形成不同地区、不同行业、不同专业可资借鉴的典型模式短期内还无法实现。因此，很多企业觉得政策的落实和执行缺乏可操作性，为了享受一些鼓励自主创新的政府补贴，甚至滋生出一些专门替有自主创新产品的企业申请科技津贴的第三方公司，从中牟利。
合作方式
“拿来主义”严重
由于大多数企业自身技术力量薄弱，与科研方技术落差过大，因此有些企业在引进技术和人才的过程中，一味要求科研方将科技成果直接送到生产线上，“拿来主义”严重。这种合作方式大大增加了科研成果的转化成本，将风险不合理地过多地转移给科研方，也导致高等院校、科研机构对合作顾虑重重。
“这些企业的优势是有科研院所的高素质技术人员的支撑，可以解决很多技术难题。劣势是这些技术是从科研院所出来的研究性成果，距产品化还很远。” 计算所全资公司北京神州天脉网络计算机有限公司总经理崔洪亮告诉记者，“一般这些技术是源自国家战略性的课题如863、973计划，而不是源自用户需求。因此，在可用性、外观、市场宣传方面都不如别的市场化产品。
模式
联盟并非特效药
为了把短期合作深化为长期合作，近年来，越来越多的相关企事业单位追求资源互补、互相结盟，使得联盟模式渐成气候，国内就有“TD联盟”、“长风联盟”、“WAPI联盟”等模式。
“不过建联盟并非特效药，嚷嚷建联盟的企业很多，很多企业不成熟地觉得有了联盟就搭上了大船，不愁吃喝了。其实这种想法只能让联盟成为一种空架子。”一位曾经涉足2～3个联盟的企业老总告诉记者。联盟还存在“谁向谁靠”的问题，不能都觉得自己是老大，没有“舍得”就没有“获得”，参与联盟就必须要有大局观。