异位子宫内膜组织差异miRNAs的生物信息学分析

来源 :中国医药导报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:JSHjanet
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目的 基于生物信息学分析,探索微RNA(miRNA)及其靶基因调控网络在子宫内膜异位症中的分子调控机制,为研究发病机制及治疗靶点提供新思路.方法 从公共基因芯片数据库GEO下载关于异位内膜和在位内膜组织miRNA表达的数据集GSE105765,使用R语言软件对其差异表达的miRNA进行分析,并筛选出差异表达排名前6位的miRNA,利用在线数据库TargetScan、miRWalk和miRDB分别预测其靶基因,获得3个数据库同时预测的靶基因交集.使用DAVID在线网站对获得的交集靶基因通过GO和KEGG进行基因富集分析,以判定靶基因主要影响的生物学功能或通路.通过STRING数据库和Cytoscape软件对筛选得到的靶基因进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析.结果 筛选出异位内膜和在位内膜组织差异表达的miRNA共85个,其中排名前6位的是 miR-202-5p、miR-514a-3p、miR-615-3p、miR-202-3p、miR-509-3p、miR-509-3-5p;3个数据库分别预测的靶基因交集有43、194、2、598、209、556个;GO和KEGG富集分析显示,6个miRNAs的交集靶基因与轴突转运、糖代谢代谢途径等密切相关;通过PPI网络和模块分析筛选出RAC1、EP300、EGFR、CTNNB1处于PPI核心位点.结论 利用生物信息学发现,与在位内膜组织比较,异位内膜组织存在miRNA的差异表达,并通过靶基因参与调控轴突转运及糖代谢途径,为子宫内膜异位症的发病机制及治疗靶点研究提供了新证据.
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