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恶性疟原虫对氯喹产生抗药性，改变了全球的抗疟形势，大规模的抗疟计划受到挫折。后来发现恶性疟原虫对多种抗疟药也产生抗性，甚至同一株恶性疟原虫对几种抗疟药物产生抗性，即多重抗性。我国抗氯喹恶性疟地理分布的调查结果表明，云南、海南、安徽、贵州、江苏等省均有抗氯喹恶性疟病例，尤其是云南和海南两省，抗性程度较高。事实上，恶性疟患者如不能得到及时有效的治疗，容易发展为脑型疟等重症疟疾，因此抗氯喹恶性疟的治疗，无论国内或国外均受到重视。