Ⅰ型人类免疫缺陷病毒（ human immunodefi-ciency virus type 1， HIV-1）是引起全世界范围艾滋病（ AIDS）流行的最主要病原体。 HIV-1属逆转录病毒科，其基因组由两条相同的正链RNA构成。要完成自身的复制（增殖），必须经历由基因组RNA逆转录形成cDNA （ complementary DNA ）的过程，故每复制一代都会向基因组中引入一定频率的新的变异，从而导致了HIV-1在传播与进化过程中产生了众多亚型（ subtype ）及复杂的重组型（ circulating re-combinant form ，CRF），而它们之间又可发生共感染（ coinfection ）与超感染（ superinfection ）。再加之抗逆转录治疗过程中产生的各种抗药性突变准种，最终为AIDS的诊断、治疗及疫苗的研发带来了极大的障碍。因此准确分析各HIV-1亚型、重组型及抗药性准种的基因组序列，对于深入了解HIV-1的传播、进化特点和AIDS的有效诊断、防控甚至攻克，具有极其重要的意义。但与此同时，也对基因测序技术的通量、速度、准确度等提出了更高的要求。