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为了能准确、快速的检测nsp2基因缺失的猪繁殖与呼吸系统综合征变异病毒(PRRSV),在nsp2基因核苷酸序列上设计了一条上游引物(nsp2-1)和两条下游引物(nsp2-2,nsp2-3),其中一条下游引物(ns2-2)设计在缺失碱基序列区域。通过条件优化建立了区分经典株和高致病性nsp2基因缺失株的PCR方法；应用SYBRGreen将最优化条件运用于荧光定量PCR实验,建立了根据融解曲线鉴别nsp2缺失变异株的荧光定量PCR方法,可检出3-6个基因拷贝。与常规PCR相比,荧光定量PCR方法能快速准确的检测出经典株和缺失株,灵敏性约比常规PCR高10倍。应用建立的方法对天津宝坻区和北辰区的2个猪场的12份阳性样本检测表明,两个地区09年感染猪群流行毒株主要为nsp2缺失变异株。