西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析

来源 :华北农学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：luote51499

【摘要】

：

对西瓜枯萎病菌生理小种1诱导的抑制差减杂交cDNA文库测序获得的4 000条EST进行分析,经过前处理后拼接得到1 487条unigene序列,全长为759 kb。在其中978条unigene序列中共检

【作者】

：

冯建明郭绍贵吕桂云陈年来张海英宫国义许勇

【机构】

：

甘肃农业大学农学院,北京市农林科学院蔬菜研究中心,河北农业大学

【出处】

：

华北农学报

【发表日期】

：

2009年3期

【关键词】

：

西瓜枯萎病 EST SSR Watermelon Fusarium wilt EST SSR

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对西瓜枯萎病菌生理小种1诱导的抑制差减杂交cDNA文库测序获得的4 000条EST进行分析,经过前处理后拼接得到1 487条unigene序列,全长为759 kb。在其中978条unigene序列中共检索出2 136个EST-SSR,出现频率为53.4%。EST-SSR的平均分布距离和平均长度分别是1/0.36 kb、19.59 bp。EST-SSRs中的重复单元以二核苷酸和三核苷酸重复为主,二者在总EST-SSRs中的出现频率为98.08%。GA/TC和GAA/TTC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别

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