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琼嘎克伯什套铜矿床位于塔里木-华北板块、塔里木微板块、柯坪前陆盆地内。已圈定南、北两个矿带,其中北矿带铜矿体呈层状顺层赋存于古近系浅灰-浅灰白色长石石英杂砂岩中,南矿带铜矿体呈似层状、板状赋存于石炭系白云岩中。琼嘎克伯什套铜矿床为有构造热液叠加改造的砂岩型铜矿床。古近系地层和石炭系地层是未来找矿勘查有可能取得新突破的重要地段,矿区进一步扩大矿体规模的前景较好。