目的 探讨以SELDI蛋白质芯片筛选后的细胞差异表达蛋白的分离和鉴定方法及其意义.方法 以经体外培养及10 μmol/L褪黑素药物干预的内皮祖细胞差异表达蛋白质为研究对象,分别采用Tricine-SDS-PAGE和双向凝胶电泳方法进行差异蛋白分离及结果比较,以FT-MS二级质谱鉴定.结果 经Tricine-SDS-PAGE分离后,选取分子量为53 ku左右的趋势性差异表达蛋白进行FT-MS分析,质谱鉴定为微管蛋白-α3(吻合度评分为87).经双向凝胶电泳分离后,于凝胶近酸性端、分子质量在72 ～95 ku之间区域,选取蛋白表达量较高的一点,质谱鉴定其为人热休克蛋白90-α(吻合度评分为91).结论 Tricine-SDS-PAGE对于大致35～62 ku范围的蛋白分离较清晰、重复性好且样品用量少,2-DE对最低上样量有较严格要求,但它能提供分子质量、等电点双重参数来更准确定位所感兴趣蛋白点,且对大分子质量蛋白的分离效果更佳,经质谱鉴定结果理想.