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利用基于重复序列PCR的标记和酸性丙烯酰胺凝胶电泳（A-PAGE）对小麦品种中国春与秦岭黑麦杂交后代（BC2F4）共75份材料进行了筛选，鉴定含有黑麦成分的株系。根据黑麦特异重复序列pSc20H设计特异引物，用PCR方法从75个株系中筛选出30份含有黑麦成分的材料。从这30份材料中，用A-PAGE的方法鉴定出10个株系为1RS／1BL易住系。实验结果表明，用基于PCR的标记能快速准确地对小麦背景中外源染色质的鉴定。结合其它方法还能进行小片段移位的鉴定。