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香格里拉桑都格勒钼矿位于甘孜-理塘结合带西侧德格-中甸陆块东缘,印支期义敦-中甸岛弧带南段。矿床受燕山壳型花岗岩控制,主要产于岩体内或内接触带上。受构造活动影响,矿体与后期断层、石英脉和含矿热液作用关系极为密切,含矿热液沿破碎带上升过程中,产生热变质及交代蚀变。因此,拉桑都格勒钼矿床属于燕山期黑云母二长花岗岩有关的热液脉状钨钼多金属矿床。