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目前，在生物转化中出现了越来越多与传统工艺大不相同的新工艺，特别是生物酶在生物转化中的应用。硫酸酯酶可以立体选择性和对映体选择性地催化水解仲烷基硫酸酯，并通过改变其构象从而产生纯手性的化合物；卤代醇脱卤酶可以催化多种非天然亲核性底物；在水介质中，裂解酶可以催化偶姻或苯偶姻反应从而产生非对称的碳-碳键；最近还出现了用酶催化生产纯手性α-L-氨基酸的新方法。