【摘 要】
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随着越来越多基因组的测序完成,基于全基因组的非比对的系统发生分析已成为研究热点。不同的生物物种或个体基因组之间的核酸组分不完全相同。遗传语言-DNA序列的信息很大程
【机 构】
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乌海市人民医院呼吸科,内蒙古科技大学数理与生物工程学院,内蒙古科技大学生物工程与技术研究所
【基金项目】
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国家自然科学基金(61102162);内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJ10098);内蒙古科技大学创新基金(2009NC005)资助
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随着越来越多基因组的测序完成,基于全基因组的非比对的系统发生分析已成为研究热点。不同的生物物种或个体基因组之间的核酸组分不完全相同。遗传语言-DNA序列的信息很大程度上反映在其k-mer频数中。基于基因组序列k-mer频数的系统发生树则从新的角度为我们提供物种之间的亲缘关系。本文定义基于k-mer频数的信息参数,并用它表征基因组序列,计算不同基因组之间信息参数的距离,用邻接法对84个病毒构建了系统发生树,发现构建的系统发生树很大程度上与已有的系统发生树相吻合。
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