翘嘴鲌具有很高的营养价值、经济价值和生态价值，近年来其野生资源趋于枯竭，因而掌握翘嘴鲌遗传多样性对于科学保护其种质资源具有重要意义。为了解太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源遗传状况，通过线粒体Cyt b基因序列测定，分析了其群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示，翘嘴鲌Cyt b基因全序列长度为1 141 bp,碱基A+T含量明显高于G+C含量。98条Cyt b序列共检测出29个变异位点，共定义29种单倍型，平均单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.923和0.002 74,平均核苷酸差异数（K）为3.127。太湖和洪泽湖群体的Hd分别为0.927和0.816,Pi分别为0.002 85和0.002 20,遗传多样性表现出高Hd、低Pi的特点。分子方差分析结果显示，群体内分子变异占比为15.01%,群体间分子变异占比为84.99%,两群体间遗传分化系数（Fst）为0.150 15（P＜0.01）,表明两群体间有显著性遗传分化。Tajima′s D中性检验结果为不显著性负值，Fu′s Fs中性检验结果为显著性负值，且歧点分布曲线为单峰型，表明翘嘴鲌在进化过程中经历过群体扩张事件。本研究结果为太湖和洪泽湖翘嘴鲌种质资源管理保护提供了数据资料。