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包尔图铜矿位于和硕县乌什塔拉北山区包尔图至库米什断裂带附近,铜矿体主要赋存于艾木太乌拉短轴背斜轴部附近的中元古界长城系星星峡群(Chxn)变质岩中,受断裂构造控制明显。本亚组地层自背斜轴部向两翼由角闪岩相逐步过渡到绿片岩相。矿区内的变质岩既具有中酸性火山岩类岩石化学的特点又具有沉积成因岩石化学的特点,为沉积岩与火成岩过渡类型。矿区内变质岩的地层学、岩相学及地球化学特征,表明其原岩应为一套海相中酸性、基性火山碎屑岩建造。研究区变质作用以区域变质作用为主,后期又叠加有动力变质作用,变质作用对该矿床的形成起到了重要的作用。