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参考基因组是现代功能基因组学的核心框架,现代基因组学技术对植物遗传变异发掘等研究起推动作用。研究发现少数参考基因组不能完全代表特定群体所有基因组变异,在功能基因组学研究应用导致错误结果。泛基因组是特定群体基因序列总和,通过完整捕获群体基因,代替单一参考基因组应用于功能基因组学研究。泛基因组在植物功能组学研究应用,结合基因组学技术可以精准鉴定种质资源遗传变异。综述泛基因组概念发展,在植物基因组学研究进展,分析植物泛基因组研究存在的问题,为植物泛基因组研究提供参考。