以陕西、四川、浙江、重庆、福建、广西主产区的11个种源厚朴为材料,采用PCR直接测序法,测定不同产区厚朴的核糖体DNA ITS区序列,并结合GeneBank中相关植物的ITS序列(以同属近缘物种辛夷为外类群),应用Kimura-2遗传距离与NJ系统树分析法对不同产区厚朴的亲缘关系进行分析。结果表明:11个产区厚朴的ITS全序列长度介于593～600bp,其中,ITS1长度为214～217bp,G+C含量为54.42%～55.35%,ITS2长度为215～219bp,G+C含量为59.82%～60.95%;ITS序列共有36个变异位点,均出现在ITS1(7个)和ITS2(29个)序列中,虽然位点变异与部分叶形变化出现吻合,但无必然联系;序列间遗传分化距离为0.000～0.02792,11个产区厚朴构成3个分支,显示出产区间厚朴的亲缘关系,其中陕西洋县(SXYX)、陕西西乡(SXXX)、福建武夷山(FJWYS)及四川彭州(SCPZ)四个产区ITS序列完全一致。nrDNA ITS序列分析可作为厚朴不同产区亲缘关系鉴定的手段。