【摘 要】
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为了探究损伤鹿茸的快速修复生长机制，挖掘与修复生长相关的候选基因，试验首先采集塔里木马鹿损伤后修复53 d（损伤组）与正常生长53 d（正常组）的茸组织，提取总RNA后，基于Illumina Nova Seq 6000高通量测序平台进行转录组测序，将过滤后序列与参考基因组的序列比对后筛选差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）;然后对DEGs进行GO
【基金项目】
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国家自然科学基金项目“创伤微环境HGF/c-Met信号对鹿茸间充质干细胞增殖、迁移与分化的调控机制”（31860629）； 塔里木大学科研创新项目“基于转录组测序技术筛选马鹿鹿茸再生的关键基因”（TDGRI202134）；
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为了探究损伤鹿茸的快速修复生长机制，挖掘与修复生长相关的候选基因，试验首先采集塔里木马鹿损伤后修复53 d（损伤组）与正常生长53 d（正常组）的茸组织，提取总RNA后，基于Illumina Nova Seq 6000高通量测序平台进行转录组测序，将过滤后序列与参考基因组的序列比对后筛选差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）;然后对DEGs进行GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析；最后随机选取4个DEGs（IHH、IL2RA、BVES和LOC122686105基因）进行实时荧光定量PCR分析，验证转录组测序结果的可靠性。结果表明：损伤组与正常组之间存在56个DEGs;与正常组比较，损伤组有37个DEGs显著上调（|lb Fold Change|≥1,P＜0.05）,包括IHH、IL2RA、BVES、Wnt5b、COL9A2、CRMP5等，有19个DEGs显著下调（|lb Fold Change|≥1,P＜0.05）,包括LOC122686105、ALX3、VWF等；损伤组有23个显著上调（P＜0.05）的GO二级条目，包括生物过程（biological process, BP）中的19个GO二级条目[骨骼系统发育（GO:0001501）、软骨发育（GO:0051216）等]、细胞成分（cellular component, CC）中的2个GO二级条目[肌纤维膜（GO:00042383）、闰盘（GO:0014704）]和分子功能（molecular function, MF）中的2个GO二级条目[蛋白结合（GO:0005515）、相同蛋白质结合（GO:0042802）],以及8个显著下调（P＜0.05）的GO二级条目，包括BP中的7个二级条目[细胞外区域（GO:0005576）、化学稳态（GO:0048878）、骨骼生长（GO:0098868）等]和CC中的1个二级条目[蛋白的N端结合（GO:0047485）];损伤组有13条显著上调（P＜0.05）的KEGG信号通路，包括Hedgehog信号通路、Wnt信号通路、类固醇的生物合成等，有9条显著下调（P＜0.05）的KEGG信号通路，包括维生素的消化吸收、胆固醇代谢和PPAR信号通路等。在56个DEGs中，与鹿茸修复生长相关的候选基因有IHH、IL2RA、Wnt5b、COL9A2、CRMP5。经实时荧光定量PCR分析发现，与正常组比较，损伤组中IHH、IL2RA、BVES基因显著上调表达（P＜0.05）,LOC122686105基因显著下调表达（P＜0.05）,与DEGs定量结果变化趋势一致，转录组测序结果可靠。说明损伤状态会促进鹿茸骨骼系统与软骨的发育，IHH、IL2RA、Wnt5b、COL9A2、CRMP5等基因可能对损伤后鹿茸的快速修复生长起着直接或间接的作用。
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