胞内病原菌是一类可以侵入并在哺乳动物细胞内生存的病原菌，它们可以调节宿主细胞内环境以便自身繁衍扩散。由于细胞膜等结构的保护，胞内病原菌在细胞内不容易被药物接触到，且容易积累抗药性，使得胞内病原菌的治疗成为一个悬而未决的难题，亟需新的治疗方法。噬菌体疗法是利用噬菌体裂解细菌治疗病原菌感染的手段。由于其不会对动物细胞产生危害，已经被广泛用于治疗病原细菌的胞外感染，同时为胞内病原菌的治疗提供了行之有效的新思路。首先，本文介绍了细胞内病原体侵入和定居在真核细胞中的策略，以及它们对抗生素的抗性机制。噬菌体疗法独特的杀菌机制及其突出的优势，以及噬菌体疗法在处理细胞内病原体，特别是耐药病原体方面有巨大潜力。其次，噬菌体疗法在治疗细胞内病原体方面的应用仍面临许多挑战，如噬菌体不能轻易穿过真核细胞膜与细胞内病原体接触。最后，讨论了噬菌体疗法在治疗细胞内耐药病原体方面可能的发展方向。未来需解决噬菌体入胞难题，通过细胞穿透肽修饰或纳米材料修饰，使噬菌体能够有效地进入真核细胞。在此基础上，可以对噬菌体本身进行改造，获得杀菌效果更强的重组噬菌体，并进一步挖掘包括温和噬菌体在内的噬菌体资源。