为了筛选与产量性状或品质性状显著关联的分子标记,本研究利用分布于不同染色体上的88对简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)标记对91份我国冬小麦(Triticum aestivum L.)品种(系)进行了位点多态性分析、基于非加权平均法的聚类分析、基于数学模型的群体结构和连锁不平衡分析。结果表明,全部标记共检测到883个等位变异,平均等位变异是10.03;遗传多样性变化范围为0.160~0.932,平均值是0.703;多态性信息含量变化范围为0.148~0.929,平均值是0.667。这些结果显示目前我国冬小麦遗传多样性水平相对较低。其中B基因组的遗传多样性最高,D基因组最低。在多样性指数上,B基因组和D基因组差异显著(P<0.05)。聚类分析将材料分成3大类,群体结构分析将材料分成4个亚群,类群划分结果与地理来源无明显关系,与系谱来源部分相关。聚类分析和群体结构分析相互补充和印证,使类群划分更加可靠。AMOVA分析显示,材料94%的遗传变异是由群体内不同个体间的差异造成的,6%的遗传变异与群体间的遗传分化有关。基因流数据显示不同的群体或亚群间存在着更频率的基因交流。基因组连锁不平衡衰减距离的"基准线"是r2=0.028 7,全基因组、A、B和D基因组连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)衰减距离分别是4.3、3.7、1.0和4.1 c M。B基因组LD衰减距离较短、衰减较快;A和D基因组LD衰减距离较长、衰减较慢。表明我国小麦LD衰减距离较高,采用全基因策略进行关联分析是可行的。评价我国小麦品种(系)的遗传多样性、群体结构和连锁不平衡,可为今后小麦杂交育种、分子标记辅助选择和关联分析提供参考和依据。