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青藏铁路沿线分布着可可西里、三江源、色林错三个国家级自然保护区和类型众多、面积广阔的自然湿地；全线通过长江、怒江、雅鲁藏布江等五大水系，生态环境脆弱，生态地位十分重要。因此，青藏铁路环境保护工作成为国内外关注的焦点。2002年青藏铁路成为原国家环保总局首批推行环境监理制度的13个建设项目之一，这次实践为在全国开展施工期环境监理提供了宝贵经验。