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以采自广东不同地区的猪鞭虫（Trichurissuis）和斯氏鞭虫（Trichurisskrjabini）为研究对象，扩增线粒体基因组的pnad4和pcoxl基因，将扩增产物纯化后克隆至pMDl8-T载体，对阳性茵落进行测序和序列分析。结果表明，来源于不同地区的鞭虫上述两个基因种内相对保守，差异性不大，但种间差异较大。猪鞭虫和斯氏鞭虫的pnad4长度均为468bp，相互间有162个种间遗传标记位点；猪鞭虫和斯氏鞭虫的pcoxl长度分别为600bp与438bp，相互间有156个种间遗传标记位点。两种鞭虫之间