目的探讨深圳市初治耐药结核病流行趋势变化,为耐药结核病防控策略调整提供理论依据。方法对2000—2016年深圳市登记的所有涂阳肺结核病患者进行痰检,以罗氏培养阳性菌株进行菌型鉴定和耐药检测,采用Joinpoint regression program软件计算年度变化百分比并进行趋势检验。结果共检测17 857株结核分枝杆菌,其中初治单耐利福平733株(4.10%),初治单耐异烟肼1 457株(8.16%),初治同时耐异烟肼、利福平541株(3.03%)。2000—2006年深圳市初治利福平耐药结核分枝杆菌检出率以每年9.29%的平均速率下降(P=0.03);2007—2014年以每年0.72%的平均速率波动(P=0.06);2015—2016年以每年30.22%的平均速率下降(P=0.14);2000—2011年深圳市初治异烟肼耐药结核分枝杆菌检出率以每年4.22%的平均速率下降(P=0.01);2012—2014年以每年5.70%的平均速率上升(P=0.61);2015—2016年以每年18.25%的平均速率再次下降(P=0.36);2000—2008年深圳市初治同时对异烟肼、利福平耐药结核分枝杆菌检出率以每年1.94%的平均速率波动,呈下降趋势(P=0.57);2009—2011年以每年9.28%的平均速率下降(P=0.81);2012—2016年以每年8.39%的平均速率上升(P=0.58)。结论深圳市初治耐药结核病流行均呈阶段性变化,其中对利福平、异烟肼单耐药率在波动中呈下降趋势,而对利福平、异烟肼同时耐药率近年来呈上升趋势,主要原因为传播导致的原发性耐药增多,应该调整深圳市防控策略,把重点转移至加强耐药结核病传染源的隔离,特别是耐多药结核病患者。