在科技、经济全球化发展的形势下，众多跨国公司和外省市企业在北京设立研发机构，加之国家科技体制改革的深化，一批在京科研院所转制成企业，形成了北京地区研发体系的新格局，带动了北京地区科技、经济的发展。为营造研发机构发展的政策环境，1999年，北京市政府出台了《北京市鼓励在京设立科技研究开发机构的暂行规定》，2002年又重新修订颁布了《北京市鼓励在京设立科技研发机构的规定》。该规定打破了对所有制的束缚，凡是符合认定条件的企业研发机构均可获得认定并给予扶持。
　　近几年来，北京市科委在全市范围内认定了123家具有一定规模的企业性质的研发机构。为培育这支队伍，2003年市科委设立了“科技研发机构自主创新专项资金”，采取“后补贴”方式，重点支持核心技术成果和自主创新机制与模式。自2005年以来有91家研发机构获得了自主创新专项资金支持，累计支持资金2260万元。这些机构3年累计取得发明专利102项、技术标准57项、软件著作权53项、植物新品种5项，产学研联合创新机制模式52项。
　　科技研发机构认定及自主创新专项体现了北京市科委在科技管理工作上的创新，并在鼓励研发机构积极探索自主创新的机制与模式，提高企业自主知识产权意识等方面取得了显著效果，在社会上产生了积极反响。专项实施后，研发机构认定数量明显增加，2006年以来共认定了52家，占认定总数的42%。2005年是专项实施的第一年，只有17家机构、9项发明专利、6项产学研模式获得资助，到2007年有40家机构、54项发明专利（其中国外发明专利4项）、29项产学研模式获得资助。实践证明，通过政策的导向和典型机构的示范作用，大大激发了企业自主创新的活力。
　　比如，博奥生物有限公司在政策推动下，成功地研制开发了我国第一个具有自主知识产权的模式生物芯片，也是国际上第一个家蚕全基因组规模的基因芯片。该公司连续3年得到专项支持，发明专利数量逐年递增，2005年获得3项、2006年获得11项、2007年获得13项（其中国际3项）。此项政策也有力地推动了外资研发机构与国内机构的技术合作，如日立（中国）研究开发有限公司与清华大学建立“清华—日立先驱IT共同实验室”，集中从事有关IPV6的前瞻性研究。目前，在该领域共取得6项发明专利。
　　几年来通过对科研机构的服务，有三方面体会：一是政府应强化在科技管理中的政策引导作用。突破只做项目、分经费的“点对点”式的管理手段。二是在支持企业成为创新主体中应引入“后补贴”和风险投资等形式，对企业开展自主创新活动和多种形式的产学研合作并对取得成绩的给予一定鼓励和支持，既可减少政府管理成本也体现政府的公平性。三是建设创新型城市、创新型国家，科技行政部门应当扶持一支专业化程度高、研发设备精良、管理机制市场化的精锐队伍。