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比较或差异蛋白质组学作为蛋白质组学研究的重要组成部分,以双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)和质谱(mass spectrometry,MS)技术为核心,着重探讨机体在不同病理生理条件下蛋白质时空表达的变化,目前已广泛应用于疾病早期诊断、疗效监测、发病机制探讨、肿瘤标志物及药物靶点筛选等诸多研究领域,筛选出许多重要功能的相关蛋白。