陈云林接任大陆海峡两岸关系协会会长后，第一件大事就是接待台湾海峡交流基金会代表团。
　　6月11日下午3时许，海基会董事长江丙坤一行抵达北京，海协会5名副会长前往首都国际机场迎接。
　　12日上午9时许，陈云林与江丙坤在北京钓鱼台国宾馆举行会谈。双方就尽快解决两岸周末包机和大陆居民赴台旅游两项议题交换了意见，并就推进两会协商、加强两会联系交往等事宜进行了讨论。这是两会领导人10年来首次会谈，标志着中断9年的两会制度化协商正式恢复。陈云林指出，新形势下两会协商，应该牢牢把握两岸关系和平发展的方向，海协会愿意秉持“建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢”的精神，与海基会平等协商，积极沟通，扩大共识，务实解决两岸同胞关心的各种问题。江丙坤表示，乐见两会正常互动的恢复，希望两会发挥协商、交流与服务的桥梁与管道功能，为两岸人民福祉多作贡献，为两岸关系的和平、稳定，奠定基础。
　　会谈结束后，两会有关人员随即就两岸周末包机和开放大陆居民赴台旅游展开协商。
　　
　　12日下午，中共中央台办、国务院台办主任王毅在钓鱼台国宾馆会见江丙坤和海基会代表团主要成员。王毅指出，海协会与海基会在“九二共识”基础上恢复商谈，标志着两岸关系朝和平发展方向迈出了新的一步。发展两岸关系，建立互信是首要，而建立互信的根本基础是反对“台独”、坚持“九二共识”。江丙坤表示赞同胡总书记“建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢”的十六字主张。
　　当日下午，江丙坤一行还到香山碧云寺拜谒孙中山先生衣冠冢，并参观了北京奥运会棒球场和国家游泳中心“水立方”。
　　13日上午9时许，陈云林和江丙坤签署了《海峡两岸包机会谈纪要》与《海峡两岸关于大陆居民赴台湾旅游协议》。这是1993年“汪辜会谈”签署4项协议后两会签署的首批协议，是“汪辜会谈”后两岸协商谈判取得的重要成果。
　　根据《纪要》，周末包机每周五至下周一共4个全天，自7月4日实施，首发团当天启程。大陆同意先行开放5个航点，并陆续开放其他航点，台湾同意开放8个航点；双方同意在初期阶段，每周各飞18个往返班次；双方同意尽快协商开通两岸直达航路和建立双方空管方面的直接交接程序，但在直达航路开通前，包机航路暂时绕经香港飞行(航)情报区。
　　根据《协议》及附件，赴台游7月18日实施，7月4日首发；以组团方式实施，团进团出，每团限10－40人之间，在台停留不超过10天；共同监督旅行社经营行为；各自建立应急协调处理机制；就旅游者逾期停留问题建立工作机制；互设旅游办事机构。接待一方旅游配额以平均每天3000人次为限，组团一方视市场需求安排，第二年再视情协商作出调整。
　　13日下午，中共中央总书记胡锦涛在钓鱼台国宾馆会见了江丙坤一行。胡锦涛指出，海协会和海基会在“九二共识”的共同政治基础上恢复商谈并取得实际成果，标志着新形势下两岸关系改善和发展有了一个良好开端，表明两岸双方有智慧、有能力通过协商谈判解决有关问题，造福两岸同胞。他强调，建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢的主张已经得到了两岸双方的认同，应该把这一精神贯彻于两会商谈之中。胡锦涛希望两会今后在商谈中做到“平等协商、善意沟通、积累共识、务实进取”。
　　6月14日，江丙坤返台后说，两岸两会恢复协商并达成协议，是1993年以来两会第一张“成绩单”。