【背景】目前国内外对绿绒蒿内生放线菌的研究较为鲜见,利用可培养和免培养的方法可以丰富绿绒蒿内生放线菌资源。【目的】药用植物绿绒蒿生长于高海拔地区,而四川阿坝州生态环境适合绿绒蒿的生长,本研究旨在探究绿绒蒿内生放线菌的多样性及群落结构。【方法】从阿坝州6个不同地理位置采集的药用植物绿绒蒿,经严格的表面消毒后,用可培养和PCR-DGGE技术相结合的方法对其内生放线菌进行分析。【结果】可培养方法分析表明不同器官放线菌数量为根>叶>茎>花;16S r DNA限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)分析将供试菌株分为7个遗传群,系统发育分析表明,绿绒蒿内生放线菌可分为3簇遗传群落,链霉菌属(Streptomyces)为优势菌群,占总数的50%,还包括北里孢菌属(Kitasatospora)和厄氏菌属(Oerskovia),其中茎分离的放线菌多样性最好。不同地理位置的绿绒蒿经过PCR-DGGE技术分析表明,采样点松潘尕力台的根、茎、叶多样性指数最好,红原安曲乡的花多样性指数最好,而同一地理位置绿绒蒿内部组织之间总体来看茎和花的多样性指数最好,通过测序条带系统发育发现绿绒蒿内生放线菌可分为8簇遗传群落,红球菌属(Rhodococcus)为优势菌群,占总数的70%,还包括棒杆菌属(Corynebacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、微球菌属(Micrococcus)、栖霉菌属(Mycetocola)、微杆菌属(Microbacterium)、假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)和链霉菌属(Streptomyces)。【结论】绿绒蒿根、茎、叶、花组织中具有丰富的多样性,能够为以后活性物质和药用功效的研究奠定基础。