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秸秆是世界上最丰富的生物质资源之一,秸秆还田作为秸秆利用的主要方式,与农业可持续发展密切相关.微生物是土壤微生态系统中最活跃的生物因子,是土壤质量的重要生物学评价指标,也是受秸秆还田影响最为敏感的土壤因子.为了解秸秆还田所带来的土壤微生态效应,本文从土壤酶活性、微生物生物量、可培养微生物种群及微生物多样性等4个方面进行综述,分析了不同还田条件下土壤微生态指标的差异,讨论了现阶段秸秆还田研究的局限性,并对今后的研究方向进行了展望,以期为秸秆安全还田提供依据.