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公立医院科研经费“包干制”在专业领域上为绩效预算改革提供了实践基础;反过来,绩效预算的政策研究为公立医院开展科研经费“包干制”提供了深厚的理论基础.基于绩效预算的公立医院科研经费“包干制”必须以绩效结果为导向,建立尊重科研生态的科研经费新型管理体制,制定科研经费的预算绩效评价指标,构建科研诚信数据库管理系统,打造基于部门协作的科研信息化管理平台,以及完善监督考核机制.