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伊犁师范学院计算机科学系成立于2004年4月，其前身是伊犁师范学院现代教育中心。2001年11月计算机科学系（筹）在现代教育中心的基础上成立，下设计算机教研室和教育技术教研室。同年9月计算机科学与技术（本科）和教育技术学（专科）两个专业开始招生。2004年3月学院成立教育科学系，原计算机科学系所属教育技术教研室及教育技术学专业划入教育科学系。现计算机科学系有系党总支、系行政、系团总支（学生工作办公室）、