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采用传统分离方法结合高通量测序对清香、酱香、浓香3种大曲真菌进行多样性分析,两种方法所获得结果较为一致。研究表明,清香型大曲真菌主体较为明显,扣囊复膜酵母S.fibuligera和伞枝横梗霉L.corymbifera是绝对主体,占94%,而生香酵母和酿酒酵母数量较少。浓香型大曲和酱香型大曲多样性结果较为接近,两种大曲中较难分离到酵母类真菌,其主体菌均为谢瓦散囊菌E.chevalieri。区别在于,浓香型大曲中真菌种类较多,数量较为接近,而酱香型大曲中,真菌多为耐热丝状真菌和青霉菌。