基于Java的基因本体工具包

来源 :高技术通讯 | 被引量 : 0次 | 上传用户：bainiao528

【摘要】

：

针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关

【作者】

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张国庆骆清铭鲁强李亦学

【机构】

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华中科技大学湖北省生物信息与分子成像重点实验室,上海市生物信息技术中心

【出处】

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高技术通讯

【发表日期】

：

2006年7期

【关键词】

：

基因本体解析器图模型语义相似性 gene ontology parser graph model semantic similarity

【基金项目】

：

863计划（2003AA231011）和973计划（2003CB715900,2004CB518606）资助项目.致谢：感谢曹顺良博士关于语义相似性方面的讨论.

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针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.

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