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根据相关染色的原理，吖啶橙（AO）可以嵌入到核酸的双链上，同时也可以因静电作用结合到单链核酸的磷酸根上。第一种结合形式可发射绿色荧光，最大波长在530 nm；后一种结合方式可发射红色荧光，其最大波长在640 nm。上述两种情况的激发光波长都是488 nm。细胞先在低pH值时用去污剂Triton X-100短暂处理，以使之能让AO和螯合剂透过细胞膜。随后在高pH值时用AO染色，结果530 nm的绿色荧光表示DNA的童，而大于600 nm的红色荧光表示RNA的量。我们利用此法研究了阿克拉霉素的抗癌效果和棉酚在小鼠精子发生中的动力学效应。在前者的研究中我们发现了十分有趣且很重要的在RNA和DNA间的不平衡生长现象。