前身是第三军医大学成都军医学院的成都医学院，2004年作为军队改制试点单位整体移交地方。在保持共产黨员先进性教育活动中，成都医学院党委要求全体党员保持军队院校的光荣传统，充分发挥哲学社会科学咨政育人的作用，努力探索新形势下的三位一体的育人新机制。
　　学院党员教师带头进一步认真学习中宣部、国家教育部关于高等学校大学生思想政治理论课程体系改革的有关指示精神，深刻认识到新开设的《思想品德修养与法律基础》、《形势与政策》等课程的重要性。在应用心理学研究中心专门成立了“思想、心理、行为”研究室，学院党委副书记、纪委书记郭晋副教授主动担任了该研究室主任．并迅速组织人员编写了课程指南，先后申报了4项院级课题。积极探索思想——心理——行为三位一体的育人新机制。这一育人机制的基本思想是：坚持邓小平理论和“三个代表”重要思想，以思想教育为主导，以心理教育为基础，以行为养成为重点，着力培养具有高尚思想道德、健康心理素质、良好行为规范的中国特色社会主义的可靠接班人和合格建设者。
　　同时，学院充分发挥心理健康教育的传统优势，准确把握新生思想规律，采取多种措施，引导新生度过心理调适期，取得明显成效。新生入学后，由学院党委宣传部牵头，采取网络测评、问卷调查、座谈会、个别访谈等方式进行全方位的心理健康调查，对新生心理特点进行认真的研究分析。分析认为：大学新生正处于由高中生向大学生转变的心理调适期，人生观、世界观尚未定型，可塑性较强，但由于人生经验、社会阅历等方面的限制，他们的思维方式、人生态度、行为习惯还不成熟和有待完善，心理、认识以及行为易受感染，情绪化、自我中心化和随意化等特点较为明显。学习和生活环境的改变，期望与现实的反差会使他们在心理上产生诸多困惑，尤其是对学院的军队管理模式表现出矛盾心态，他们既认同军事化的管理模式，又不能忍受这种模式下的苦累生活。
　　针对这些问题，学院心理咨询中心开设心理咨询专线电话、专用网站，聘请中科院心理研究所尹文刚、罗跃嘉研究员和四川大学霍大同教授、四川省社科院林之达研究员等知名专家和学院的心理专家轮流坐诊，为新生排忧解难。学院还开设了6个一线心理咨询站，专职、兼职心理辅导老师轮流值班。及时为新生解惑释疑，帮助学生摆脱心理困扰。
　　通过及时有效的心理疏导和耐心细致的思想教育，新生思想心理日趋稳定，全院仅有4名新生要求退学，比去年同期的20名大幅度下降。临床医学本科班的一名女生喜爱钢琴演奏．由于学院没有练琴室而产生退学念头。经过心理辅导老师的积极引导和耐心教育，该生的思想很快稳定下来，并积极参与学院的文体活动，成为了学生会的文艺骨干。
　　深入扎实的思想政治工作和科学、耐心的心理教育辅导，使全院青年学生正逐步打牢立身做人的坚实根基，树立成才立业的远大理想，心理适应能力、应急应变能力、综合素质得到了普遍提高。2003级药学本科班学生潘江涛患重型肝炎后，同学们自发组织了“挽救生命奉献爱心”捐助活动，全院5000多名学生捐款9900多元。