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目的筛选穿透性角膜移植大鼠血清中免疫排斥反应相关的低相对分子质量差异蛋白。方法采用弱阳离子交换芯片，结合表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术，对穿透性角膜移植大鼠血清中表达的免疫排斥反应相关的低相对分子质量差异蛋白进行筛选，通过相应软件结合生物信息学方法进行初步分析。结果质荷比0～20000范围内，共检测到58个蛋白峰，其中6个蛋白质峰的表达有统计学意义。结论穿透性角膜移植术后发生免疫排斥反应与未发生免疫排斥反应的大鼠血清中低相对分子质量蛋白存在明显差异，为角膜移植排斥反应病情的治疗监测提供依据。