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分子结构描述是药物设计与构效关系研究中不可缺少的方面。本文综述了各种分子结构描述的方式、层次及其若干相互关系,例如元素水平、几何水平、立体电子水平以及分子与生物环境相互作用等层次。并着重分析分子结构与性质两个不同概念的差别,在此基础上进一步讨论了分子连接性所包含的各个水平上结构描述的内容与意义。