【摘 要】
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为揭示‘牛肉红朱橘’（Citrus reticulata Blanco. ‘Niurouhong’， NRH）和亲本‘朱红橘’（Citrus reticulata Blanco. ‘Zhuhongju’， ZHJ）间的基因组结构变异，利用三代Nanopore测序技术对二者进行全基因组重测序。本研究共获得46.70 Gb的Clean reads，与克里曼丁参考基因组比对，样本的平均比对率、平均测序深
【基金项目】
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贵州省农科院青年科技基金（黔农科院青年基金 [2019]11号）； 贵州省精品水果产业人才基地（黔人领发 [2018]3号）； 贵州省精品水果创新能力建设（黔科合服企 [2019]4002号）； 现代农业产业技术体系建设专项资金（CARS-26）共同资助；
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为揭示‘牛肉红朱橘’（Citrus reticulata Blanco. ‘Niurouhong’， NRH）和亲本‘朱红橘’（Citrus reticulata Blanco. ‘Zhuhongju’， ZHJ）间的基因组结构变异，利用三代Nanopore测序技术对二者进行全基因组重测序。本研究共获得46.70 Gb的Clean reads，与克里曼丁参考基因组比对，样本的平均比对率、平均测序深度和基因组至少一个碱基的覆盖度分别为97.78%、60×和98.12%。检测到结构变异（Structure Variation， SV）分别有57 822个和62 128个，变异类型主要是缺失和插入，大部分为100～1 000 bp的短片段变异，少部分为10 000 bp以上的大片段变异。分析二者间的结构变异，差异SV位点有9 414个，注释到30 726个基因，KEGG富集显示差异基因主要集中在植物激素信号转导途径、氨基酸代谢途径、类胡萝卜素生物合成途径及生物碱合成途径等。本研究结果表明，‘牛肉红朱橘’和‘朱红橘’之间的基因组差异可为分子标记开发提供数据支持，同时也为‘牛肉红朱橘’的品种鉴定及重要农艺性状遗传改良提供研究基础。
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