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肠道微生物群不仅仅在微生物学，在医学上也进入研究的重点。这些微生物能在长时间内保持自身的稳定性，其稳定性对人类健康和疾病发挥着至关重要的作用。近年来的报道显示微生物群的不平衡与多种疾病相关。肠道菌群失调导致的某些感染性肠道疾病像是克罗恩病等，这些在预期之中。但有趣的是微生物群或一个特定菌株与越来越多的像糖尿病，非酒精性脂肪肝，甚至精神疾病如抑郁症或自闭症这样的疾病有关。本文从健康和疾病两个方面对肠道微生物与人体的相关性进行阐述。