为了探索新疆药用阿魏属植物内生真菌的生态分布与多样性,采用微生物学研究方法与技术,从多伞阿魏、阜康阿魏、大果阿魏、新疆阿魏、里海阿魏及羊食阿魏的根、叶及茎中分离内生真菌;运用形态和分子生物学方法对其进行了鉴定;并使用Shannon-Wiener多样性指数和Sorenson系数,分析6种药用阿魏内生真菌的组成、分布、多样性及相似性。分离得到内生真菌337株,分属于38个属,其中,链格孢属、短梗霉属及镰刀菌属为优势菌群;在新疆阿魏中分离得到的内生真菌最多,阜康阿魏根中分离出来的内生真菌Shannon-Wiener多样性指数(H’)最大,达到1.85;多伞阿魏叶和新疆阿魏叶的内生真菌菌群相似性最高,相似性系数达到0.75。结果显示,6种新疆药用阿魏植物中皆存在内生真菌;阿魏不同部位内生真菌的分布、多样性及相似性等均存在差异,具有一定的物种及组织专一性;为阿魏属植物内生真菌的深入研究奠定了理论基础。