【摘 要】
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由转录组测序信息获得的EST-SSR标记具有通用性好、保守性高、多态性丰富、共显性遗传等优点,广泛应用于植物种质资源的遗传多样性分析.本研究通过对不结球白菜(Brassica rap
【机 构】
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福建农林大学 园艺学院,福州,350002;福建金品农业科技股份有限公司,福州,350002;福建农林大学 园艺学院,福州 350002;福建农林大学 蔬菜研究所,福州 350002;
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由转录组测序信息获得的EST-SSR标记具有通用性好、保守性高、多态性丰富、共显性遗传等优点,广泛应用于植物种质资源的遗传多样性分析.本研究通过对不结球白菜(Brassica rapa ssp.chinensis)转录组高通量测序,挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记,并进行引物的初步验证及其多态性分析.在不结球白菜转录组的48817条Unigene序列中共搜寻到17009个SSR位点,发生频率为18.44％,SSR分布频率为34.84％.不结球白菜SSR位点共包括212种重复基元.其中,单、二和三核苷酸重复为不结球白菜转录组SSR的主要类型,占SSR总量的98.31％.单核苷酸重复最多,占总量的39.70％,其优势重复单元为T/A(26.83％).利用Primer Premier 3.0设计EST-SSR引物,在批量设计的引物中随机挑选40对进行合成并初步验证,25对引物在92份不结球白菜种质资源中均能扩增出预期大小的条带.其平均等位基因数3.72个,有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、Shannons指数(Shannons index,I)、多态性信息指数(polymorphism information content,PIC)和基因多样性(gene diversity,GD)分别为2.7108、0.9991、0.4884和0.5452.所获得的EST-SSR引物可为不结球白菜及芸薹属其他植物的遗传结构分析、种质资源利用及遗传图谱构建提供有效的分子标记.
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